Aprovecha las propiedades de la incidencia de un haz de electrones en la muestra, de tal manera que permite caracterizar la morfología de la superficie, la estructura, grado de cristalinidad, defectos, degradación y textura de materiales orgánicos e inorgánicos en zonas microscópicas, obteniendo imágenes topográficas con una gran profundidad de campo.

Este microscopio trabaja con la señal generada al incidir un haz de electrones que atraviesa una muestra, sea orgánica o inorgánica.

Las muestras analizadas no deben exceder los 100nm de espesor.

Las aplicaciones de este equipo son muy numerosas: Tanto en ciencia de materiales, donde es posible determinar morfología, caracterizar estructura cristalina, defectos en superficie, interfases, posición de microcristales hasta del orden de nanómetros, composición química y mezcla de fases, como en las ciencias biológicas, al identificar estructuras celulares, contaminación de tejidos, observación de bacterias, virus y otras partículas biológicas.